系主任：钱会南， 电话：64286646
副主任：马淑然， 电话：64287011
教学秘书：王彤、禄颖
科研秘书：徐雅
中医基础理论系是以中医基础理论学科为学术内涵建立的二级学科性质下的行政系，本学科历经著名中医学家任应秋、王玉川、程士德、王洪图、刘燕池、烟建华教授等前辈的建设，使之在教学、科研和学科学术发展方面具有丰厚的文化内涵与学术沉淀，为中医基础系的发展奠定了坚实基础。中医基础理论学科1993年成为国家中医药管理局重点学科，2001年成为教育部重点学科，是“211”重点建设项目，是国家第一批中医学硕士学位、博士学位授权点，并已建立博士后流动站。中医基础理论学科现在既是教育部重点学科，“211”重点建设项目，又是国家中医药管理局重点学科。
中医基础理论学科现有五个主要的研究方向：（1）脏腑相关理论研究；（2）五脏应时理论研究；（3）五脏藏神理论研究；（4）中医体质学说研究；（5）中医理论体系研究。