主任：王新佩（《金匮要略》课程负责人），电话：64286994
副主任：陈萌（《伤寒论》课程负责人）， 电话：64287073
赵岩松（《温病学》课程负责人）， 电话：64286998
教学秘书：刘敏、李鹏英
科研秘书：王雪茜
中医临床基础系是以中医临床基础学科为学术内涵而建立的。经过著名中医学家陈慎吾教授、刘渡舟教授、赵绍琴教授、聂惠民教授、孔光一教授等前辈的建设，本系在教学、科研和学科建设等方面均得到了长足发展。为中医基础系的发展奠定了坚实基础。 中医临床基础学科是国家最早的硕士学位和博士学位授权单位之一，是中华中医药学会仲景学说分会主任委员和秘书长单位。本学科于2002年被批准为北京市重点学科；2006年被批准为国家重点学科；2010年被批准为国家中医药管理局重点学科。
本系有四个稳定的研究方向：⑴《伤寒论》、《金匮要略》、温病学原著学术思想研究及文献学研究；⑵六经辨证、脏腑辨证、卫气营血辨证和三焦辨证方法研究；⑶《伤寒论》、《金匮要略》、温病学病证研究；⑷经方及温病方药药效、配伍规律及其应用研究。