北京中医药大学中医学院药理教研室前身为1956年成立的基础医学院药理室，1970-1978年，教研室主任为姜名瑛教授，教师有胡琼玉、徐秋萍、侯家玉、朱承喜、王凤仁等，主要教学任务是中医学专业、中药学专业本科《药理学》授课。1979-1982年，教研室主任为金恩波教授，教师新增孙建宁、潘思源、何正正、宋更源、吴金英等。教研室为中西医结合治则与方药硕士点，开始招收硕士研究生。1982年药理教研室归属中药学院。

2000年6月，原北京针灸骨伤学院与北京中医药大学合并，划归教育部管理，成立了新的基础医学院人体机能系药理教研室，教师有杨梅香、邓秀兰、张晓晶，系主任为王继峰教授。人体机能系是国家第一批中西医结合硕士学位、博士学位授权点，所属中西医结合学科为国家重点学科。在基础医学院领导及人体机能系两任系主任（王继峰教授及唐炳华教授）对药理教研室人才梯度建设的支持，先后引进王青青、钟相根、鲁艺，现药理教研室逐渐壮大。

2009年，王伟教授创建中西医结合基础（药理）学科，2012年入选国家中医药管理局重点学科，作为中西医结合医学下设的二级学科招收硕士、博士研究生，并于2014年建立博士后流动站。2016年9月，随着基础医学院更名为中医学院，人体机能系药理室独立为中医学院药理教研室，王青青副教授任主任。在中医学院领导的顶层设计下，整合药理教研室与中西医结合药理学科人员，王伟教授（双肩挑）担任学科带头人，柴欣楼、侯春英、卢令慧、李弟灶先后加入药理教研室。2019年国家中医药管理局学科验收获评优秀，同年中西医结合基础（药理）学科进入我校高峰学科建设序列。2024年起柴欣楼教授担任药理教研室主任。

药理教研室目前有专任教师6人，其中教授2人，副教授3人，讲师1人；均为博士学位；其中博士生导师1人，硕士生导师4人。中西医结合基础（药理）学科学科带头人王伟教授为证候与方剂教育部暨北京市重点实验室主任，首届岐黄学者，首届岐黄首席科学家，吴阶平医药创新奖获得者，国际欧亚科学院院士，“十四五”国家重点研发计划中医药现代化重点专项项目负责人等。柴欣楼教授现任药理教研室主任，原中西医结合药理学科秘书，科技部重大新药创制子项目负责人。鲁艺教授为北京市第十六届人大代表，中国农工民主党中央第十六届医疗卫生委员会委员、十七届教育科技委员会委员，全国名老中医、国医大师王庆国教授学术传承人，全国基层名老中医药专家、首都国医名师、北京中医妇幼名医王玉英教授学术传承人，北京市中医药管理局科普专家，荣获“北京市科技新星”，“教育部新世纪优秀人才”“第四届中医药求真学者”，北京中医药大学杏林导师。目前侯春英、卢令慧、李弟灶等一批中青年教师成为药理教研室的新生力量，形成了老、中、青相结合的优良学术梯队。