教研室正式成立于1982年。在1956年建校伊始由老一辈的中医学家任应秋、王玉川、印会河、程士德等教授奠基。经过半个多世纪的发展，现已拥有了一支素质高、教学经验丰富、结构合理的学术梯队。中医基础理论学科是国家中医药管理局重点学科、教育部重点学科、“211”重点建设项目，是国家第一批中医学硕士学位、博士学位授权点，并已建立博士后流动站。教研室主要承担本科生、硕士生及博士生、留学生等各层次的教学。所教授课程主要有：《中医基础理论》《中医学基础》《中医基础理论概论》《中医基础学》《中医系统论导论》《中医基础理论创新创业导论》《中医经筋理论与浮针疗法》《中医时间医学与临床》等。在历任教研室主任和全体老师的共同努力下，在教学、科研、临床等方面稳步发展，不断提高。教学力求卓越，2007年《中医基础学》被评为北京市精品课程；2010年被评为国家精品课程；2013年高质量建成《中医基础学》国家级精品资源共享课并获奖；现已建成并推广了北京中医药大学《中医基础理论》和《中医入门》慕课线上课程。2020年《中医基础学》被评为北京市优质本科课程；2023年《中医入门》荣获国家级一流线上课程称号。教研室成员作为主编和副主编参编多本规划教材，围绕“四时五脏阴阳”“五脏藏神”中标多项国家级和省部科研课题，并获得校级以上科研奖励多项。

中医基础理论教研室教学建设过程中，荣获了课程建设、教材建设、人才培养等方面多项荣誉称号。《中医基础学》获国家级和北京市级精品课程、国家级精品资源共享课、北京市优质本科课程。《中医入门》获国家级一流本科课程（线上一流课程）。《中医基础理论》获北京中医药大学一流线下课程、北京中医药大学一流线上课程。 北京中医药大学《中医基础理论》《中医学基础》《中医基础学》思政示范课程、北京中医药大学《中医基础学》课堂教学优秀课程。主编出版“十二五”、“十三五”规划教材《中医基础理论》《中医基础理论专论》，副主编“十二五”“十三五”“十四五”规划教材《中医基础理论》《中医基础理论专论》《中医学基础》、主编北京市高等教育精品教材《中医基础理论》、主编新世纪创新教材《中国民族医药学概论》《系统中医学原理》《中国传统生态医学》等数十部教材和专著等。教师获得北京师德标兵、北京优秀教师、北京中医药大学优秀教师、教学名师、国家中医药管理局优秀理论人才称号等多名，教师获得多个创新创业优秀指导老师称号，培养多名优秀硕士、博士、博士后。

在科学研究方面，中医基础理论教研室现有三个主要的研究方向：（1）四时五脏阴阳（天人医学）理论研究；（2）中医“五脏应时”理论研究；（3）脏腑相关理论及形神一体观研究。本教研室先后承担过国家科技部“973”项目、国家科技部重大新药创制、国家科技合作计划、国家重大仪器研发项目子课题、国家自然科学基金国家自然基金面上项目、青年项目、国家社科基金、教育部科学技术重大研究项目、北京市自然基金、北京社科项目、北京科协项目等多项课题。获得国家科技进步奖、中华中医药学会科学技术奖、中国中西医结合学会科学技术奖等多项科研成果。此外，本学科积极将科研成果反哺于本科教学，开设多门全校公选课。依托依托名国家中医药管理局、北京市中医管理局及朝阳区卫健委等设立多个名医传承工作室站，吸引本科生参与科研，指导本科生申请国家、市级、区级及校级多个创新创业课题，并获得多种多层次奖项，为提高本科生的临床、科研方面的综合素质起到了积极的作用。