学科渊源：1957年北京中医学院成立之初，由王绵之教授主持组建方剂教研组，先后调入黄庭佐、李庆业3位教师，黄象仪为资料员，承担中医、中药专业及留学生的方剂学课程的教学任务。1965年10月，方剂教研组与中药教研组合并为中药方剂教研组，由颜正华任组长，王绵之任副组长，承担全院的中药学和方剂学的教学及实习带教任务，组织编写了最早的高等中医院校的方药学教材《中药方剂学讲义》。1971年以后，先后抽调耿俊英、萧俊平、刘淑清等老师加入中药方剂教研组。因课程发展的需要，1978年中药方剂教研组拆分为中药学和方剂学二个教研室，由王绵之老师担任方剂学教研室主任，1981年任命黄庭佐、李庆业为教研室副主任。之后先后从优秀毕业生中选留或调入一些中青年教师，如王云阁、卞一明、黄建军、袁宝泉、张春荣、王伊明、杨一凡、谢鸣等，进一步充实方剂学的师资队伍，杨燕玲、白晶调入为教研室资料员。1984年李庆业任教研室主任、萧俊平任教研室副主任，1999年谢鸣任教研室副主任。2003年院系调整将中药教研室与方剂教研室合并为方药学系，钟赣生担任系主任，许文忠、倪诚、高琳先后担任系副主任。2016年基础医学院新一轮院系调整，方剂学再次从方药学系中独立出来并组建新的方剂教研室，分别由高琳、吴宏东担任教研室主任、副主任。
学科发展：北京中医药大学方剂学科是以基础医学院方剂教研室为核心、由中药和中西医结合相关学科参与建设的北京中医药大学重点学科。方剂学科最早由著名中医药学家王绵之教授创立，80年代以来一直是全国同类专业的领头单位。1978年被国家教委批准为全国首批方剂专业硕士授权点，1986年被批准为当时唯一的方剂学博士授权点，开始向全国招生培养方剂学专业博士生；曾先后主编全国中医药院校统编及适应不同层次人才的《方剂学》教材、教学参考书，举办过2届全国中医药院校方剂师资培训班，并为黑龙江、山东、辽宁等省兄弟院校培养博士。自学会成立以来，本学科一直为中华中医药学会方剂分会挂牌单位，有王绵之、李庆业、谢鸣等数位全国知名专家担任学会要职，负责领导、组织和协调全国方剂分会的工作。2001年本学科经教育部批准为国家重点建设学科，谢鸣教授担任学科带头人。
师资队伍：方剂学科隶属于中医学院，现有教师10人，其中教授4人、副教授3人，讲师3人；博士生导师2人，硕士生导师6人；全部具有博士学位。主要研究方向：方证相关研究、方剂效用及其物质基础的研究、中医处方法研究、历代名医名方组方规律研究。先后主持或参与各级别的科研课题50余项，其中主持国家及部市级重点课题20余项，累计科研经费近千万元；获部（市）级科技进步奖10余项和国家发明专利7项、校级教学成果奖3项；发表学术论文500余篇，其中教育教学论文60余篇；出版专著10余部，组织编写全国性方剂学专业教材10余部，获全国优秀教材及优秀科技著作奖3部、北京市高校精品课程1门；培养博士60余名、硕士100余名、进修及访问学者10余名。主持或组织全国性学术会议8次，参加国际及全国性学术交流80余人次。
教学工作：方剂教研室师资力量雄厚，开展大量教学研究工作。方剂教研室先后开展了以“启发学生心智”和“强化实践教学”为主题的本科方剂学“跨学年二段式课程”、案例实训及PBL教学探索；与中医诊断学教研室联合开设了体现辨证论治特色的教改课程“中医辨证论治学基础”；经多年研究实践，逐渐形成了符合本科-硕士-博士不同层次的特点的专业课程体系，其中有为本科不同专业和学制开设的“方剂学”，为方剂专业硕士和博士生开设的《中医处方方法学》《方剂学专题讲座》《方剂学专论》《中医病机学》等课程，具有明显的学科特色，深受研究生欢迎。由方剂学科专家牵头组织编写了多部全国中医药院校规划教材《方剂学》及学术专著30余部，其中多部获北京市高校精品、全国优秀教材及优秀科技著作奖。教研室自编教材《中医处方方法学》、校教学改革教材《中医辨证论治学基础》也被用于中医专业的本科教学，受到学生的好评。多位教师在多个年度获得北京中医药大学优秀主讲教师荣誉，或在大学及学院组织的教学比赛中获奖；《方剂学》课程连续多年蝉联校级优秀主讲课程；方剂教研室与中医诊断教研室共同承担的教改课程《中医辨证论治学基础Ⅱ》也多次获得优秀主讲课程称号。
目前开展的方剂学“领雁计划”教学实践，是我校自主择师授课教学模式的引领者，在课程中创新性融入体现方剂学科内涵的半自主设计式实验实训内容。与中药教研室联合建设的《方药学》课程，是全国首个将《中药学》与《方剂学》有机融合的创新课程，突出“方从法出、方以药成”“方药离合”的学科学术特色。建立方剂学虚拟实训平台，为学生实现从模拟辨证选方用药到虚拟采药-炮制-制剂提供全方位、全过程虚拟仿真实训。
科学研究：“十五”期间本学科得到“211工程”“方剂学基础”项目的支持，国家投入和自筹总资金近400万。“十五”期间，学科取得快速发展，初步完成方剂专业实验室和方剂信息研究平台的搭建；教师队伍结构有所改善，基本形成了以高学历、高层次人员为主体的学科团队，人员年龄构成明显年轻化，专业知识结构也趋于合理。建立的药理与药化实验室和方剂信息研究室成为学科开展研究工作的有效平台，开展的一批原创性课题研究不仅稳定了学术方向，同时形成了具有一定特色的学科研究新领域，使学科在方药配伍规律、效用机制、“方证相关”研究等基础领域，以及中医方药解决航天机体适应等应用领域具有一定的优势和特色。2006年学科顺利通过国家重点学科的评估，并滚动进入“十一五”国家重点学科建设。学科先后承担国家科技攻关项目、国家自然科学基金项目和北京市自然科学基金项目等多项科研课题。
学术传承：六十年来，方剂教研室经历了早期的老一辈专家传带、中年学者接替、青年学科带头人培养的过程，形成了具有活力的创新性的学科梯队。方剂学学科拥有丰厚的学术积淀、丰富的教学经验和优秀的师资力量，曾先后举办多届全国方剂学师资研修班。近年，接受多名来自于全国兄弟院校的教师和访问学者研修，成为培育全国方剂学教学人才的重要基地。学科重视老专家课堂教学经验的整理，将王绵之教授的课堂录音整理为《王绵之方剂学讲稿》由人民卫生出版社出版，该书集中反映了王老的方剂学术思想和教学风格，多次再版发行，具有良好的社会效应。