“十五”以来，学科主持和主要参与的各级课题40余项，其中国家级项目11项，省部级课题10余项，校级课题20余项，横向课题10余项，经费总计为近千万元。以第一作者或通讯作者发表论文近300余篇，会议交流80余篇；出版专著8部。获得部级鉴定成果20余项，发明专利10项，各级别科技奖励30余项，其中省部级奖励10余项。

经近20年的发展，学科逐渐形成了具有特色的研究领域，目前有4个稳定的研究方向：

(1)方证相关的研究：基于中医辨证论治中的方证关联原理，运用现代系统生物学的研究方法，探查中医方药与病证的对应关系及其生物学基础，从实证角度揭示中医辨证用方的科学内涵及其规律; 

(2)方剂效应及物质基础：基于中医方剂功效及运用经验，运用药理和药化的研究手段，探查中医方剂效用的现代机制，为中药复方新药的研制提供基础;

(3)历代名方整理与研究：基于中医历代文献中蕴含的大量经验信息，运用信息学及现代数据挖掘技术，探讨不同医家或学术流派的组方特点及类方的方证规律，以完善方剂学理论和发现方剂学新知识；

(4)中医处方法研究：基于中医辨治和组方经验，运用理论分析、逻辑归纳及智能分析等方法，探讨中医组方理论和类方配伍规律，以丰富和发展方剂学理论。