中医体质与生殖医学研究中心成立于2002年，由我国中医体质学和中医男科学创始人王琦院士任首任中心主任。是全国唯一一个专门从事中医体质学和中医生殖医学的教学、科研基地和学术交流平台。以本中心为依托，2003年成为中华中医药学会中医体质分会挂牌单位；2005年成为中国中医药研究促进会中医生殖医学分会主任委员单位；2009年成立国家中医药管理局中医体质辨识重点研究室，同年成立中华中医药学会、北京市中医药管理局王琦名医传承工作站，并被评为全国名医传承优秀建设单位；2010年至今倪诚教授任中心主任；2011年批准成立国家中医药管理局全国名老中医药专家王琦学术传承工作室，同年成为世界中医药学会联合会体质研究专业委员会挂牌单位；2012年批准设立中医体质学科（二级学科），同年批准成为国家中医药管理局“十二五”中医药重点学科；2013年成立北京中医药大学中医体质健康服务协同创新中心；2015年批准成立国家中医药管理局王琦国医大师传承工作室；2017年12月成立北京中医药大学国家中医体质与治未病研究院；2021年9月成立北京中医药大学王琦书院，是我国第一家在中医药高等院校创办的书院，2023年被中国科协、教育部、科技部、国务院国资委、中国科学院、中国工程院、国防科工局联合授予“科学家精神教育基地”。2023年中医体质学科成为国家中医药管理局首批中医药管理局高水平中医药重点学科，同年11月北京市中医管理局批准成立王琦“三名”传承工作室、王琦传人（倪诚）传承工作站。