《中医基础理论》是北京市精品教材、北京市精品课程、国家精品课程。《内经选读》课程是北京中医药大学精品课程，《内经选读》教材是北京市精品教材。中医基础系面向：（1）中医本科、七年制、留学生等专业学生开设《中医基础理论》、《内经选读》、《实验中医学》等课程。（2）硕士生、博士生开设《中医基础专论》、《内经专题讲座》、《难经学术思想》等课程。（3）非医专业开设《中医学基础》、《中医学基础概论》。（4）全校其他专业开设公共选修课程《内经》、《难经》、《实验中医学》、《中国民族医药学概论》等课程。中医基础系还承担我校继续教育学院、东方学院以及新加坡南洋理工大学的《内经》、《中医基础理论》等课程。

　　主要课程负责人：《内经》课程负责人：钱会南

　　《中医基础理论》课程负责人：马淑然

　　《实验中医学》课程负责人：刘晓燕，《实验中医学》实验课负责人：徐雅《中国民族医药学概论》课程负责人：马淑然

　　《难经》课程负责人：韩晶杰

　　已出版的教材目录

　　1.程士德主编《内经讲义》上海科学技术出版社，1983年

　　2.王洪图主编《内经选读》上海科学技术出版社，1997年

　　3.王洪图主编《内经讲义》（21世纪课程教材，全国高等医药教材建设会规划教材）人民卫生出版社，2002年

　　4.王洪图主编《内经学》（新世纪高等中医院校七年制规划教材）中国中医药出版社，2004年

　　5.烟建华主编《内经选读》（北京市高等教育精品教材立项项目）学苑出版社，2004年

　　6.烟建华主编《难经讲义》科学文化出版社，2002年

　　7.烟建华主编《内经学术精粹析要》人民军医出版社，2006年

　　8.烟建华主编，钱会南、苏晶副主编《内经》科学出版社，2004年

　　9.王琦主编，钱会南等副主编《中医体质学》人民卫生出版社，2006年

　　10.钱会南主编《中医学概论》北京中医药大学自编教材，2005年

　　11.贺娟副主编《中医运气学》（普通高等教育“十一五”国家级规划教材）中国中医药出版社，2009年

　　12.贺娟副主编《内经选读》（全国普通高等教育中医药类精编教材），上海科技出版社，2010年

　　13.刘燕池、雷顺群主编《中医基础理论》（北京市高等教育精品教材立项项目）学苑出版社，2005年

　　14.刘燕池、郭霞珍主编《中医基础理论》科学出版社，2002年

　　15.郭霞珍主编《中医基础理论》（普通高等教育“十一五”国家级规划教材，全国普通高等教育中医药类精编教材）上海科技出版社，2006年

　　16.李晓君、辛瑛、郭霞珍主编《简明中医学基础》学苑出版社，2005年

　　17.刘兴仁主编《中医学基础概论》(上)(供非医学专业及护理.中药.管理专业使用) 学苑出版社，2008年

　　18.高思华主编《中医基础理论》(中医药类专业用全国高等中医药院校规划教材)高等教育出版社，2009年

　　19.郭霞珍 主编《中医基础理论专论》人民卫生出版社，2009年

　　20.李峰、马淑然主编《中国民族医药学概论》（新世纪全国高等中医药院校创新教材）中国中医药出版社，2009年